A csokoládé élettani hatásának megítélésekor nem maradhatnak ki a felsorolásból az E-számmal jelzett élelmiszer adalékanyagok sem. A gyártáskor adagolt megannyi vegyület (emulgeátor, állományjavító, ízesítőanyag, stb) hatásairól még keveset tudunk, a tudományos világ azonban egyetért abban, hogy mennyiségüket célszerű minimálisra csökkenteni az élelmiszerekben. A csokoládéban található adalékanyagok mindenesetre semmiképpen sem kedveznek a csokoládé hírnevének – legalábbis az egészségvédők között.

A nyersanyagként felhasznált kakaóbab erjesztése során az alapanyag penészedni kezdhet. (Ugyanez előfordulhat a kávé és tea fermentálása során is.) Hazai felmérések szerint a rendszeres kakaó-, csokoládé-, kávé- és teafogyasztók vérkeringésében gyakran felfedezhetőek a penésztoxinok.

A nyersanyag minősége tehát – a szennyezettséget és toxintartalmat tekintve - meglehetősen változó, különösen az olcsóbb, tömegfogyasztásra szánt kakaóalapú termékek esetén, amely a lakosság gyengébb immunitású rétegei (gyermekek, idősek, betegek) számára jelent nagyobb kockázatot. A penésztoxinok hosszú távú hatásairól eltérő eredmények ismeretesek; legtöbbször az allergia, a májfunkció zavara és a daganatos betegségségek jelennek meg, mint potenciális következmények.

A kakaó és csokoládé témakörében meg kell emlékezni a koffeinről és teobrominról is. Ezek idegrendszeri úton ható anyagok, amelyek nagyban felelősek az ún. csokoládé-függőség kialakulásáért. Gyakori fogyasztás esetén hiányuk elvonási tünetekkel járhat, hasonlóan más függőségekhez. Szervezetbe kerülésük jelentős stresszhatást jelent, és számos előnytelen folyamatot gerjeszt. A régi időkben e hatásokat pozitívumként könyvelték el, sőt depresszióoldó és hangulatjavító jellegüket a mai napig előnyként tartják számon. A valóságban azonban az elindított biokémiai folyamatok megerőltetik és legyengítik az érintett szerveket (szív, gyomor, vese, stb.).

A kakaó és csokoládé jelentős oxálsav tartalommal bír, amely a vesekő képződésére hajlamos embereknél az oxalát-kristályok kialakulását segíti. Az esetek egy részében tetten érhető a vesekőképződés hátterében meghúzódó mértéktelen csokoládéfogyasztás.